El problema es que los ~~ al final no están separados del enlace. Puede ser difícil decidir si son parte del enlace o parte del formato.
__https://meta.discourse.org/t/horizon-theme/360486/1__ tampoco funciona __https://meta.discourse.org/t/horizon-theme/360486/1__
Puedes usar uno de estos en su lugar
[s] https://meta.discourse.org/t/horizon-theme/360486/1 [/s]
<s>https://meta.discourse.org/t/horizon-theme/360486/1 </s>