У нас есть руководство по выполнению массовых операций через командную строку, включая экспорт и импорт категорий:
Я не уверен, сколько категорий считается «очень-очень много», но при достижении 500+ вы можете столкнуться с проблемами производительности (в зависимости от того, как используются категории). Использование тегов вместо этого позволит избежать таких проблем.