Не совсем понятно, что именно вызывает эту проблему, но, похоже, она связана с Themeable site settings are now available
Какую тему вы используете? Как настроены эти параметры для темы?
Кажется, если у вас включена опция «Поле поиска в заголовке сайта» и установлен этот компонент, возникает описанное вами состояние, когда поиск отображается только в баннере и вообще не появляется в заголовке… верно ли это?