Existe uma configuração do site chamada disable_tags_edit_notifications (e também disable_category_edit_notifications) que você pode ativar ao alterar muitas tags/categorias. Você já tentou usá-las?
Acho que a nova janela modal de marcação em massa também possui uma caixa de seleção para indicar se os usuários devem ser notificados. Você usou essa opção e os usuários ainda foram notificados?
