disable_tags_edit_notifications（および disable_category_edit_notifications）というサイト設定があり、タグやカテゴリを大量に変更する際にこれを有効にできます。これらは試されましたか？
新しい一括タグ付けモーダルにも、ユーザーに通知を送るかどうかのチェックボックスがあると思います。これを使っても、ユーザーに通知が送られていましたか？
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