Думаю, сейчас это можно реализовать с помощью HTML:
(Replace text with more than just links? - #23 by zogstrip)
Теперь для каждого отслеживаемого слова в разделе «Замена и ссылка» можно выбрать опцию «Выводить HTML в замене».
Поддержка Markdown пока не реализована, но, думаю, это тоже скорее запрос на новую функцию, поэтому я передам это дальше. 
2 лайка