Думаю, теперь вы сможете этого добиться, используя HTML:
(Replace text with more than just links? - #23 by zogstrip)
Теперь для каждого отслеживаемого слова в разделе «Замена и ссылки» можно выбрать опцию «Выводить HTML при замене».
Поддержка Markdown пока отсутствует, но я считаю, что это скорее запрос на доработку в разделе Contribute, поэтому я передам это дальше. 