Sí, los anuncios nativos (anuncios de recomendación) se pueden insertar en un componente del tema. No se requiere ningún plugin.
Mostrarlos en la parte superior de una página de tema consistía en un archivo dentro de un directorio llamado javascripts/<nombre-del-plugin>/connectors/topic-above-post-stream/<nombre-del-plugin>.hbs. Pega el código del anuncio en este archivo.
No estoy seguro de que el plugin de anuncios sea necesario para soportar los anuncios de Amazon.