Неужели нет причин не использовать мультисайтовую установку в двух контейнерах? Не думаю, что вы здесь теряете в переносимости: самый быстрый способ переноса экземпляров между серверами — это миграция резервной копии.
Если вам потребуется перенести экземпляр, вы просто поднимете новый сервер, пометите старый экземпляр как доступный только для чтения, перенаправите DNS и восстановите резервную копию. При использовании сервиса с низким TTL, такого как Cloudflare, для управления DNS, небольшой сайт можно мигрировать за несколько минут. Пользователи столкнутся лишь с кратковременным периодом доступа только для чтения, при этом никакой контент не будет потерян.
Такое разделение ресурсов гораздо эффективнее: вам не придётся запускать два сервера баз данных и два веб-сервера в отдельных контейнерах, а также полностью отпадает необходимость в обратном прокси-сервере nginx.