¿Existen peligros como una reducción del rendimiento de la base de datos, inconsistencias, algo más? ¿O el único peligro es no poder recuperar las publicaciones eliminadas permanentemente?
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Es solo que una vez que una publicación se elimina, desaparece para siempre y no se puede recuperar. No hay preocupaciones de rendimiento.
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En realidad tengo la pregunta opuesta: ¿no hay una reducción del rendimiento de Discourse por solo eliminar publicaciones de forma lógica en lugar de eliminarlas permanentemente? Debe haber alguna carga acumulada después de algunos años para algunos foros. ¿Se hace de esta manera para mantener estadísticas para cada cuenta incluso cuando se eliminan publicaciones/temas?
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En realidad no. Los índices BTree significan que podemos buscar en O(log n) publicaciones y temas, por lo que hay un crecimiento de costo sublineal.
En las instancias de Discourse más grandes que existen, la cantidad de publicaciones nunca ha sido el cuello de botella del rendimiento en producción. Dicho esto, lo vigilamos y siempre podemos volver y refactorizarlo si es necesario.
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En resumen, no.
En primer lugar, creo que la mayoría de las comunidades tienen muchas más publicaciones visibles que eliminadas. Por ejemplo, aquí en Meta, el número total de publicaciones es 1.015.386 y solo 81.480 de ellas están eliminadas. Eso es menos del 10%. Probablemente la cantidad total de datos eliminados sea inferior a 100 MB de datos.
Como dijo Falco, el impacto en el rendimiento de almacenar e indexar más datos es insignificante. Los sistemas de bases de datos están optimizados para contener mucha más información de la que uno puede imaginar e incluso las configuraciones más simples pueden albergar miles y miles de puntos de datos sin despeinarse.
Quizás esta no sea la mejor comparación del mundo, pero ¿notas que tu PC se ralentiza a medida que almacenas más archivos? Lo más probable es que no, y el sistema de archivos es también una especie de sistema de bases de datos. 
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