Si inspeccionas esta página, verás que tenemos dos URLs diferentes de Cloudfront, por lo que utilizamos lo que mencioné anteriormente: dos distribuciones, una para la CDN normal y otra para S3.
El problema del título del OP es este: el CSS proviene de la aplicación y el JS de S3. Necesitas una CDN que conozca el origen de cada activo y pueda acceder al lugar necesario, o bien dos CDNs. Por eso, después de todo, tenemos dos configuraciones diferentes.