Se você inspecionar esta página, verá que temos duas URLs diferentes do Cloudfront, então usamos o que mencionei acima: duas distribuições, uma para o CDN normal e outra para o S3.
O problema mencionado no título da postagem original é o seguinte: o CSS vem do aplicativo e o JS vem do S3. Você precisa de um CDN que saiba de onde vem cada ativo individual e possa acessar o local necessário, ou então dois CDNs. É por isso que temos duas configurações diferentes, afinal.