Привет, @Aaron_Walsh 
У вас установлена последняя версия Discourse? (3.1.0 stable или 3.2.0.beta1-dev) И пробовали ли вы запустить в безопасном режиме?
У меня на тестовом экземпляре есть переключатель цветовых тем, который работает как положено, включая смену логотипа для тёмной и светлой тем.