Автоматическая тёмная тема

Это нельзя сделать через интерфейс.
Однако вы можете массово обновить параметры пользователей с помощью команды Rails, но делать это следует с осторожностью.
Я рекомендую сначала проверить, сколько пользователей имеют эту настройку отключённой, например, с помощью Data Explorer. Если их количество невелико, вы можете установить её вручную или попросить пользователей сделать это самостоятельно.

Также, на мой взгляд, стоит убедиться, какое значение установлено по умолчанию при создании учётной записи.