Проблема в том, что у каждого прочитанного уведомления свой цвет фона, который также нужно переопределить. Это должно помочь в дополнение к вашим другим изменениям
.user-menu .quick-access-panel .read {
background: transparent;
}
Аналогично с полем поиска: там применяется отдельный фон, который нужно удалить:
.search-menu .search-input, .search-menu-container .search-input {
background: transparent;
}
У нас есть руководство, которое пошагово объясняет, как вносить подобные изменения в CSS, оно может пригодиться: Making custom CSS changes on your site