Bien. 
Las “aplicaciones” móviles y de escritorio son en realidad lo que yo suelo llamar un ‘navegador cautivo’ (o “navegador incrustado” como en el OP). Esta es la única forma sensata de implementar una “aplicación” para un sistema basado en la nube, de lo contrario, terminas con dos productos para desarrollar, mantener y dar soporte. 
Ya existe una versión de escritorio del sitio web y una versión móvil. Ambas utilizan la misma base de datos backend y demás, pero tienen diferentes códigos CSS y posiblemente algunos otros ajustes. Dos versiones/modos para el sitio son más que suficiente complicación tal como está.