クライアント側では、Discourse は無効化されたプラグインの JavaScript アセットを提供しないため、そこへの影響はありません。
サーバー側では、適切に実装されたプラグイン（これらはすべて該当します）の場合、無効化されているプラグインのカスタマイズはバイパスされます。したがって、技術的には有効/無効の状態を確認するためのわずかなオーバーヘッドがあるかもしれませんが、それはごくわずかであるはずです。
ここでマージしているプラグインは、discourse.org ホスティング上のすべての Discourse インスタンスで実行しているものです。そのため、すべて大規模で十分にテストされています。