Я работаю на мультисайтовом сервере уже около двух лет, и ни разу плагин не ломался именно из-за мультисайта.
Несколько оговорок: я использую его для тестирования тем, а не для продакшена. Поэтому я, вероятно, не вникаю во все тонкости каждого плагина. Также я никогда не использовал Data Explorer на дополнительных инстансах. Однако я часто пересобираю систему и имею довольно длинный список плагинов, которые постоянно меняются.