No es “En lugar de”: .panel-body es una clase que apunta a todos los cuerpos de panel, mientras que .hamburger-panel apunta, bueno, al panel de hamburguesa.
Así que no sé qué cambió específicamente en el núcleo que rompió tu código anterior. Pero si quieres ocultar todas las subcategorías del menú de hamburguesa, esto me parece lo más directo:
.hamburger-panel .category-link.subcategory {
display: none;
}