Creo que es porque no estás instalando docker. Lo que estás haciendo en el punto de ese mensaje es ejecutar la configuración de Discourse, que depende de que docker esté disponible; te ayuda a instalarlo si no lo encuentra, pero te pregunta porque no sabe nada sobre tu sistema.
Tal vez no lo encuentra porque no está instalado, en cuyo caso instalar es obviamente la respuesta correcta. Tal vez no lo encuentra porque deliberadamente has instalado docker en otro lugar por alguna razón, que no está en la ruta predeterminada del sistema (PATH), en cuyo caso instalar es la respuesta incorrecta. (Una respuesta correcta sería abortar la configuración y ejecutarla de nuevo con PATH=/donde/esta/docker:$PATH ./discourse-setup)
¿Es posible que estés interpretando el nombre del repositorio, discourse_docker, como si fuera docker? No lo es, es la capa externa de Discourse, los componentes que necesitan interactuar con docker, como el script de configuración, el script de lanzamiento, etc.