通知メール設定は、Fromメールヘッダー（RFC822）で使用されますが、（あなたが指摘したように）この目的のためには、SMTPトランザクション（RFC5321）で使用されるEnvelope Fromを設定する必要があります。Discourseでは、ここでreply_by_email_addressを使用します。
最も統合されたソリューションは、reply_by_email_addressをDiscourseに配信されるものに設定して、バウンスを自動的に処理できるようにすることです。これは、当社のホスティングプラットフォームで行っていることです。
こちらを読むことをお勧めします：Configure direct-delivery incoming email for self-hosted sites with Mail-Receiver