Я могу подтвердить, что при сочетании нумерованных списков с маркированными, за которыми следуют элементы контрольного списка, отступ формируется не так, как вы ожидаете, поскольку сами маркеры не отображаются.
Лично мне нравится использовать маркированные списки с контрольными списками, как в моем примере выше: это красиво отступает и не показывает сами маркеры. Но и в этом случае отображение не соответствует ожиданиям.
Причина обоих этих явлений, возможно, одна и та же.