Certo, o Cloudflare não consegue fazer nada para reduzir a carga do servidor de aplicação. Como um aplicativo javascript de página única, o Discourse realmente não se beneficia.
Pior ainda, colocar o Discourse atrás do Cloudflare adiciona saltos de rede para cada solicitação entre o aplicativo no navegador e o servidor, então há um leve aumento nos tempos de resposta.
Você está mantendo os uploads no servidor ou usando S3/uma alternativa semelhante ao S3?