Исправление этой проблемы будет довольно сложным: если маркеры-заполнители парсятся как секции с подсветкой синтаксиса, то при переходе к этапу замены мы их не найдём.
Правильный подход к решению — переработать конвейер и выполнять подсветку только после замены.
На данный момент я считаю это запросом на новую функцию. Я не против добавить пометку «приветствуем PR», если кто-то сможет предложить простой и эффективный способ решения этой задачи.