¿Se ha considerado la posibilidad de hacer que las ventanas emergentes de las notas al pie sean desplazables? Véase 
[1] Hay cuatro párrafos.
Por supuesto, las notas al pie largas probablemente no sean una buena idea en sí mismas. Y una solución sería utilizar notas finales en lugar de ventanas emergentes. Pero, dado que se trata de una configuración global del sitio, esta opción no está disponible en publicaciones individuales.
Además, hay un error con los párrafos citados. Normalmente, puedes colocar una línea en blanco con solo un > para obtener una línea en blanco citada. Puedo crear un nuevo problema para eso si es necesario.
Posiblemente relacionado (pero sin resolver): Problems with scolling on mobile footnote
PÁRRAFO 1 Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Proin ultricies porta tincidunt. Phasellus vitae luctus nulla. Proin condimentum urna at leo consectetur, sit amet finibus eros rhoncus. Vestibulum sed congue nisi. Nam molestie tortor vitae risus finibus hendrerit. Nunc nec varius nibh. Maecenas vel neque dui. Praesent vel maximus justo, et rutrum eros. Aliquam ultricies lorem lorem, vitae commodo diam mollis quis. Nunc vitae tortor convallis, rutrum augue id, vestibulum tellus. Pellentesque accumsan nec eros quis dapibus.
PÁRRAFO 2 Sed in augue est. Mauris eget arcu nunc. Fusce feugiat metus vel libero imperdiet ultricies. Ut auctor nulla mollis pulvinar suscipit. Ut bibendum mi rhoncus tortor porttitor, sit amet maximus massa aliquam. Ut maximus orci et elit aliquet ullamcorper. Ut a odio ex. Proin scelerisque, neque eu tincidunt euismod, sapien lectus bibendum risus, vitae fringilla turpis lacus a elit. Proin sed nisi aliquet, tincidunt lectus porttitor, congue lacus. Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et malesuada fames ac turpis egestas. Ut sem risus, molestie eu purus dapibus, gravida tristique mi.
PÁRRAFO 3 Quisque iaculis, lectus at condimentum volutpat, tortor arcu maximus enim, eget ultricies justo ante vitae lorem. Nam rhoncus varius bibendum. Donec accumsan justo tincidunt nisl dignissim rutrum. Curabitur suscipit malesuada condimentum. Sed odio magna, commodo nec ligula tincidunt, vehicula ornare neque. Vestibulum ut placerat nisl, vel dapibus risus. Integer felis dolor, auctor quis nisl non, placerat auctor velit. Mauris nunc ipsum, sollicitudin quis feugiat eget, rutrum nec lorem. Mauris ullamcorper eros eget erat consequat elementum. Aliquam a arcu vel nisl tincidunt viverra. Phasellus id libero sit amet turpis pretium pulvinar vitae vel dui. Vivamus vel mi at enim facilisis euismod. Nam aliquet venenatis ligula, quis porttitor lectus hendrerit vitae. Donec blandit volutpat arcu, et luctus risus.
PÁRRAFO 4 Nullam congue quis nulla tristique feugiat. Donec volutpat eleifend sem, nec ornare nunc gravida vitae. In ac imperdiet nibh, vitae mattis nisi. Phasellus vel dolor nibh. Interdum et malesuada fames ac ante ipsum primis in faucibus. Mauris id elementum enim, quis dignissim nunc. Phasellus laoreet sit amet nisl at egestas. Cras eget gravida erat. Proin eleifend vestibulum dignissim. Aenean auctor lectus id tincidunt luctus. Pellentesque scelerisque sodales dui dictum pellentesque. ↩︎