Просто для уточнения: вы используете переключатель светлой/тёмной темы в ядре или старый #theme-component?
Кроме того, существуют логотипы для светлой и тёмной тем как для десктопа, так и для мобильных устройств.
Если вы используете мобильное устройство, возможно, вам потребуется загрузить два логотипа в поле «Логотип для мобильных устройств» на той странице, что изображена на вашем скриншоте. Если я не ошибаюсь, если логотип не загружен, будет использоваться основной логотип (первый на вашем скриншоте) для тех позиций, где логотипы не загружены.