Просто для подтверждения: вы используете переключатель Light/Dark в core или старый Customization > Theme component?
Кроме того, есть светлые и тёмные логотипы для десктопа и мобильных устройств.
Если вы используете мобильное устройство, возможно, вам нужно загрузить 2 логотипа в поле «Мобильный логотип» на той странице, что на вашем скриншоте. Если не ошибаюсь, то если логотип не загружен, будет использоваться основной логотип (первый на вашем скриншоте) для незагруженных логотипов.