En números redondos, tienes 1G de RAM y 2G de swap, y por el log vemos que ember se quedó sin memoria. Tienes 16G de espacio libre en disco; te sugiero añadir un archivo de swap de 2G y volver a intentarlo.
Editar: cruzado en la publicación. De hecho, una mejora temporal a más RAM es otro enfoque. Asegúrate de navegar la mejora con cuidado para poder volver a la configuración más barata; normalmente, eso significa mantener el tamaño del disco igual.
Editar: hay un par de configuraciones del kernel que deberías establecer para reducir el consumo de memoria virtual. Ver
MKJ’s Opinionated Discourse Deployment Configuration