Одна из теорий заключается в том, что поле topic_users.bookmarked каким-то образом рассинхронизируется. Если у вас есть идентифицированная проблемная тема, попробуйте выполнить запрос к таблице topic_users для этой комбинации пользователя и темы и проверьте, установлено ли значение bookmarked в true или false.
Также мне интересно, показывает ли новая экспериментальная функция /filter «пропущенные» темы с параметром in:bookmarked, например, Discourse Meta. Можете ли вы также попробовать это и сообщить нам?