Entiendo que nada debería salir jamás de un elemento iframe, por lo que siempre asumí que era el iframe el que se estaba colocando en un lugar equivocado de alguna manera. Pero también podría ser que el tamaño del iframe que se coloca (por GAM) sea incorrecto en algún escenario extraño.
¿Te importaría compartir cómo abordaste esto con CSS para al menos evitar que los banners de tamaño excesivo se superpongan con el contenido de la página? El hecho de que tal solución funcione, por sí solo, podría ser una pista sobre lo que exactamente está ocurriendo.