¡Hola!
Ese es el comportamiento esperado: la caja de búsqueda te muestra lo no visto a nivel de mensaje, mientras que /unseen lo comprueba a nivel de tema.
O, para ser más explícitos: miden cosas diferentes, a pesar de compartir el mismo nombre.
Página No visto = muestra los temas que tienen nuevos mensajes después del punto hasta donde habías leído.
Término de búsqueda in:unseen = encuentra mensajes individuales de los que no tenemos registro de que hayas leído.
Suena igual, pero fácilmente divergen. Por ejemplo: si saltas al final de un tema o usas “Descartar”, el tema se cuenta como completamente leído, aunque la mayoría de los mensajes en él nunca te hayan sido mostrados. Así que la página No visto está vacía (ningún tema tiene algo después de tu último punto leído), mientras que la búsqueda sigue encontrando muchos mensajes individuales que no has leído.