Я бы начал с измерения:
du -kx / | sort -n | tail -499
Также стоит выполнить:
df
и, возможно:
find / -xdev -ls|sort -n -k 2|tail -199
что может занять несколько минут
Вы можете увидеть один или несколько файлов подкачки, поэтому стоит проверить, используются ли они:
swapon