Ах, я понял. Извините за мою путаницу. 
Я думаю, что многие сочетания клавиш работают так, как вы ожидаете (например, выделение всего, жирный шрифт, копирование и вставка и т. д.), хотя при использовании сочетания для гиперссылки открывается модальное окно. Насколько я знаю, в настройках нет способа отключить это, но я проверю, чтобы убедиться.
Есть также быстрая функция «вставить ссылку», которая может оказаться полезной. Если вы скопируете ссылку откуда-либо, а затем выделите текст в редакторе, который хотите превратить в гиперссылку, вы можете вставить ссылку, и она автоматически отформатируется как гиперссылка в формате Markdown, где выделенный текст станет отображаемым текстом.
~~Также существует подход с использованием встроенного onebox, который может быть весьма полезен: при вставке ссылки в редакторе в середине предложения автоматически добавляется заголовок, где это возможно. Например: https://www.discourse.org/plugins.~~
Оказывается, я вообще не разбирался в этой теме… 