Penso che tu possa disabilitarlo usando la console di Rails:
Puoi seguire i passaggi forniti in Using Hidden Site Settings e usare
SiteSetting.pop3_polling_enabled = "f"
Ma penso sia un bug che questo non funzioni nell’interfaccia
Teoricamente, il validatore controlla se l’impostazione debba essere disattivata e quindi non controlla ulteriormente la configurazione. Ovviamente, in questo caso non funziona. Ma funziona per la soluzione alternativa di Rails 
Penso che il problema sia che il frontend non passa "f" ma "false". Ecco perché il controllo per il superamento della validazione non funziona. Dopo aver modificato
return true if val == "f"
in
return true if val == "f" || val == "false"
Sono riuscito a disabilitare pop3_polling_enabled nell’interfaccia