Я считаю, что проблема не в Thunderbird, а в любом почтовом клиенте, поддерживающем треды. Однако я не знаю, может ли разница между различными данными в полях In-Reply-To и References зависеть от разных интерпретаций.
Что я вижу на самом деле, так это то, что вы исправили поле References в соответствии с RFC 5322:
In-Reply-To: содержит Message-ID сообщения, на которое вы отвечаете.
References: добавляет Message-ID отвеченного сообщения к предыдущим ссылкам.
Первое сообщение
Message-ID: <msg-id1>
…и нет поля References
Первый ответ
Message-ID: <msg-id2>
In-Reply-To: <msg-id1>
References: <msg-id1>
Второй ответ:
…
Message-ID: <msg-id3>
In-Reply-To: <msg-id2>
References: <msg-id1> <msg-id2>
…
Однако вы нарушили Message-ID, как указано по ссылке:
Кстати, есть ли ещё одна ошибка: при выделении нескольких строк как «форматированный текст» (preformatted text) разметка pre добавляется не один раз, а многократно — по одному разу для каждой строки?