Sim — acho que a melhor solução por enquanto é adicionar algumas verificações no plugin de votação de posts para pular a lógica quando o aninhamento estiver habilitado para um tópico. Basicamente, tornar o plugin explicitamente incompatível com respostas aninhadas.
Seria legal também ter um modo “converter para respostas aninhadas” para a votação de posts. Imagino que haverá uma porcentagem de usuários da votação de posts que simplesmente gostariam de mudar para respostas aninhadas.