Недавно я взялся за управление сервером Discourse, и возникло несколько проблем.
- У меня возникают постоянные проблемы при создании или редактировании поста с блоками кода. При попытке создать или отредактировать пост с блоком кода
(access node)$ spack list openfoam@2306
...
Variants:
Name [Default] When Allowed values Description
====================== ==== ============== ==================================================
build_system [generic] -- generic Build systems supported by the package
int64 [off] -- on, off With 64-bit labels
kahip [off] -- on, off With kahip decomposition
knl [off] -- on, off Use KNL compiler settings
metis [off] -- on, off With metis decomposition
mgridgen [off] -- on, off With mgridgen support
paraview [off] -- on, off Build paraview plugins and runtime post-processing
precision [dp] -- sp, dp, spdp Precision option
scotch [on] -- on, off With scotch/ptscotch decomposition
source [on] -- on, off Install library/application sources and tutorials
vtk [off] -- on, off With VTK runTimePostProcessing
zoltan [off] -- on, off With zoltan renumbering
...
я получаю ошибку 403 Forbidden.
-
Markdown не поддерживает подсветку кода: добавление любой спецификации синтаксиса приводит к ошибке
403 Forbidden. -
Встроенные фрагменты кода также вызывают ошибку
403 Forbiddenв некоторых, но не во всех местах, в зависимости от расположения относительно других блоков кода.
Установленная версия — 3.1.1 ( 0612f0d5b6 ).
Связаны ли эти проблемы между собой и что может вызывать такое поведение?
Пример поста: Compiling OpenFOAM with Spack - 📚 Knowledge nuggets - HPC discourse
Ожидаемый результат:
При установке OpenFOAM от OpenCFD с помощью Spack возникают некоторые проблемы.
Была настроена среда для управления пакетами с помощью Spack в соответствии с инструкциями из руководства UL HPC. Кратко: для пакетов SPACK были определены следующие зависимости,
(access node)$ cat << EOF >> $SPACK_ROOT/etc/spack/packages.yaml
packages:
slurm:
externals:
- spec: slurm@22.05.5
prefix: /usr
buildable: False
libevent:
externals:
- spec: libevent@2.1.8
prefix: /usr
buildable: False
pmix:
externals:
- spec: pmix@4.2.3
prefix: /usr
buildable: False
hwloc:
externals:
- spec: hwloc@2.2.0
prefix: /usr
buildable: False
EOF
а также следующие опции для каталогов кэша сборки,
(access)$ cat << EOF >> $SPACK_ROOT/etc/spack/config.yaml
config:
build_stage:
- /dev/shm/$user/spack-stage
EOF
чтобы ускорить компиляцию, используя файловую систему ramdisk. Перед установкой OpenFOAM была установлена желаемая версия Open MPI с помощью системного компилятора:
(compute node)$ spack install -j openmpi@4.0.5 +pmi schedulers=slurm ^pmix@4.2.3 ^hwloc@2.2.0
Дистрибутив OpenFOAM также устанавливается с помощью системного компилятора. Доступные компоненты OpenFOAM:
(access node)$ spack list openfoam@2306
...
Variants:
Name [Default] When Allowed values Description
====================== ==== ============== ==================================================
build_system [generic] -- generic Build systems supported by the package
int64 [off] -- on, off With 64-bit labels
kahip [off] -- on, off With kahip decomposition
knl [off] -- on, off Use KNL compiler settings
metis [off] -- on, off With metis decomposition
mgridgen [off] -- on, off With mgridgen support
paraview [off] -- on, off Build paraview plugins and runtime post-processing
precision [dp] -- sp, dp, spdp Precision option
scotch [on] -- on, off With scotch/ptscotch decomposition
source [on] -- on, off Install library/application sources and tutorials
vtk [off] -- on, off With VTK runTimePostProcessing
zoltan [off] -- on, off With zoltan renumbering
...
OpenFOAM устанавливается со всеми доступными партиционерами (metis, scotch, zoltan, kahip) и компонентами генератора многогранной сетки (mgridgen, раздел 6.3.1.4 документации) с помощью команды:
(compute node)$ spack install -j openfoam@2306 +source precision=dp +metis +scotch +zoltan +kahip +mgridgen ~knl ~int64 ~paraview ^openmpi@4.0.5
Однако в результате установки отсутствуют несколько компонентов. Например, при выполнении ручной проверки после установки в doc/Build.md,
# Create the user "run" directory:
mkdir -p "$FOAM_RUN"
# Change to the user "run" directory:
run
# Copy tutorial
cp -r "$FOAM_TUTORIALS"/incompressible/simpleFoam/pitzDaily ./
# Run the tutorial
( cd pitzDaily && blockMesh && simpleFoam )
отсутствуют как генератор сетки blockMesh, так и решатель simpleFoam.
Оказалось, что партиционер METIS вызывает сбои при установке нескольких компонентов. Перекомпиляция только с партиционером SCOTCH,
(compute node)$ spack install openfoam@2306 +source +scotch +mgridgen precision=dp ~int64 ~kahip ~knl ~metis ~paraview ~vtk ~zoltan ^openmpi@4.0.5
решает проблему. Все компоненты решателя установлены, но несколько утилит всё ещё отсутствуют.
Мы используем следующий скрипт для обнаружения всех отсутствующих компонентов:
(access node)$ cat list_spack_openfoam
#!/usr/bin/bash
set -euo pipefail
declare variant="${1}" # e.g. @2306%gcc@8.5.0 @2306+mgridgen
declare type="${2}" # solvers, utilities
find_makefile_directories() {
local directory="${1}"
find "${directory}" -type d | grep -E '\/Make$' || true
}
extract_executable_name() {
local makefile_directory="${1}"
cat "${makefile_directory}/files" | ( grep -E '^EXE[[:space:]]*=' || true ) | sed 's/^EXE[[:space:]]*=[[:space:]]*\$(FOAM_APPBIN)\///g'
}
main() {
local variant="${1}"
local type="${2}"
local foam_location="$(spack location -i openfoam"${variant}")"
local pagkage_directory=""
local executable_name=""
local installed=""
local package_makefile_directory=""
while read -r package_makefile_directory; do
executable_name=$( extract_executable_name "${package_makefile_directory}" )
if [ -n "${executable_name}" ]; then
if [ -x "${foam_location}/platforms/linux64GccDPInt32-spack/bin/${executable_name}" ]; then
installed="Y"
else
installed="N"
fi
package_directory="$( echo "${package_makefile_directory}" | xargs -I % dirname % )"
echo "${installed} : ${executable_name} => ${package_directory#${foam_location}}"
fi
done < <( find_makefile_directories "${foam_location}/applications/${type}" )
}
main "${variant}" "${type}"
Простой запуск скрипта показывает, что отсутствуют следующие утилиты:
(access node)$ ./list_spack_openfoam utilities @2306 | grep -E '^N'
N : addr2line => /applications/utilities/miscellaneous/OSspecific/addr2line
N : foamyHexMeshSurfaceSimplify => /applications/utilities/mesh/generation/foamyMesh/foamyHexMeshSurfaceSimplify
N : foamyHexMeshBackgroundMesh => /applications/utilities/mesh/generation/foamyMesh/foamyHexMeshBackgroundMesh
N : cellSizeAndAlignmentGrid => /applications/utilities/mesh/generation/foamyMesh/cellSizeAndAlignmentGrid
N : foamToCcm => /applications/utilities/mesh/conversion/ccm/foamToCcm
N : ccmToFoam => /applications/utilities/mesh/conversion/ccm/ccmToFoam