Я добавил скрипт JS в заголовок Discourse. Он отображается в исходном коде как для ботов, так и для поисковых роботов.
Как исключить его из интерфейса для поисковых роботов и ботов?
Вы не можете. Вы можете создавать разные версии сайта в зависимости от того, как боты идентифицируют себя, но в этом нет смысла.