Да, эти ограничения должны были остаться. Я знаю, как они исчезли — это была проблема, связанная с переподчинением категорий, которую я думал, уже исправили. Но, учитывая ваш отчет здесь: Category security settings reset when changing parent/subcategory relationship, я буду уделять этому особое внимание.
Разберусь с этим позже сегодня.
Редакция: всё должно быть исправлено уже сейчас.