Понятно. Не уверен, что это будет реализовано в ближайшее время, но вы можете очень легко добиться этого с помощью однострочного CSS-дополнения:
.quick-access-panel {
li.notification.read {
display: none;
}
}
Таким образом, любое прочитанное уведомление будет исчезать.