Да, так и есть! Я несколько раз случайно активировал сочетания клавиш, когда всплывающее модальное окно не имело фокуса. Думаю, это легко исправить. Похожая проблема была решена здесь: Change owner - no focus anymore on text box.
Возможно, эту тему стоит перекатегоризировать в ux.