El código a continuación:
some deep thought who needs a reference[^1]
[^1]: Here's the reference.
Debería verse como un subíndice (y se ve así en la vista previa de la publicación), pero después de publicarlo, se renderiza como:
some deep thought who needs a reference[1]
Here’s the reference. ↩︎
Tenemos mostrar notas al pie en línea habilitado en Meta, por lo que se ven así aquí. ¿Lo has probado en otro sitio con esa opción desactivada?
De hecho, funciona. Gracias. Debí haber leído el tema del plugin sin prestar atención.
Sin embargo, es bastante contraintuitivo que la vista previa se vea muy diferente a la publicación final.
Esto es cierto. Lo enviaré a UX para su consideración. 
Actualización: También se mencionó en este tema: Add numbering formats to Footnotes