Gracias @supermathie, ¡lo aprecio! 
Así que procedí a probarlo (solo la segunda línea), pero parece que no funciona. Devolvió muchos registros como:
id: 1234,
user_id: 1234,
custom_upload_id: nil,
gravatar_upload_id: nil,
last_gravatar_download_attempt: Thu, 07 May 2015 09:40:35 UTC +00:00,
created_at: Thu, 07 May 2015 09:40:35 UTC +00:00,
updated_at: Thu, 07 May 2015 09:40:36 UTC +00:00>,
Encontré uno con custom_upload_id establecido a un ID y localicé el perfil del usuario usando: User.find_by(id: 123456)
Sin embargo, al ver su perfil, la imagen de perfil sigue vacía. Además, puedo ver que no se han realizado nuevas subidas a S3 recientemente (ninguna en las últimas 6 horas). Así que creo que las imágenes optimizadas no se están generando como resultado.
La buena noticia es que, cuando busco una imagen de perfil mediante un comando de Rails:
User.find_by_username('username').uploaded_avatar
source
Los registros parecen correctos y las URLs de todas las URLs de S3 que he verificado hasta ahora funcionan. Los registros son consistentes con otra instancia que ha utilizado S3 desde el principio.
Luego, cuando uso:
OptimizedImage.where(upload_id: upload_id).where(version: 2)
En la instancia anterior, veo varias imágenes optimizadas. Pero en la nueva instancia, no hay registros. Lo cual parece correcto. Para ese usuario con el ID de subida personalizado establecido, parece haber imágenes optimizadas para él en S3, pero esos registros son de hace días.
Parece que solo necesito encontrar una manera de activar la generación de las imágenes de perfil optimizadas.
La nueva instancia está actualmente en modo de solo lectura; no estoy seguro si eso podría ser un factor. La regeneración de publicaciones funcionó bien en modo de solo lectura.
Edición: Veo muchos trabajos en Sidekiq para crear miniaturas de imágenes de perfil 
Así que tal vez solo necesito salir del modo de solo lectura para permitir que se procesen. Actualizaré.