同じ Google トラッキングコード ID をこれらの両方のフィールドに入力するのは、基本的な設定エラーでしょうか？
- ga 汎用トラッキングコード
- ga 汎用自動リンクドメイン
もしそうであれば、トラッキングコード ID を入力すべき正しいフィールドのどちらか一方でしょうか？
はい、設定ミスです。Google トラッキングコードは、ga universal tracking code サイト設定に追加する必要があります。
ga universal auto link domains サイト設定は、ドメインのリストとして使用されます。これはクロスドメイントラッキングに利用されます。この設定は空のままにすることも可能です。この設定の用途の詳細については、[UA] Set up cross-domain measurement (analytics.js) [Legacy] - Analytics Help をご覧ください。