Deshabilitar la configuración de Incrustar no listado no evitará que las publicaciones RSS aparezcan en la página principal. Hay algunos detalles sobre cómo funciona esa configuración en el OP: https://meta.discourse.org/t/configure-the-discourse-rss-polling-plugin/156387#prevent-embedded-topics-from-being-unlisted-3. Esa configuración es algo confusa porque se agregó para resolver un problema que puede ocurrir cuando los comentarios de Discourse se usan en un sitio externo. La configuración no tiene mucho sentido cuando se usa con el plugin RSS. Es por eso que el OP sugiere deshabilitarla.
Creo que para tu caso, la mejor solución será deshabilitar la configuración de Incrustar no listado y seguir el consejo de @Jonathan5 de publicar los temas en una categoría que esté silenciada por defecto.
Si publicas las publicaciones RSS en su propia categoría, puedes agregar esa categoría a tu configuración de categorías de supresión de resumen para evitar que los temas aparezcan en los correos electrónicos de resumen.