「非公開の埋め込み」設定を無効にしても、ホームページにRSS投稿が表示されなくなるわけではありません。その設定がどのように機能するかについての詳細は、OPに記載されています: https://meta.discourse.org/t/configure-the-discourse-rss-polling-plugin/156387#prevent-embedded-topics-from-being-unlisted-3。この設定は、Discourseのコメントが外部サイトで使用される場合に発生する問題を解決するために追加されたため、やや紛らわしいです。RSSプラグインと一緒に使用する場合、この設定はあまり意味がありません。そのため、OPでは無効にすることが推奨されています。
あなたのケースでは、「非公開の埋め込み」設定を無効にし、@Jonathan5氏の、デフォルトでミュートされるカテゴリにトピックを発行するというアドバイスに従うのが最善の解決策だと思います。
RSS投稿を独自のカテゴリに発行する場合、そのカテゴリを「ダイジェスト抑制カテゴリ」設定に追加することで、トピックがダイジェストメールに表示されないようにすることができます。