Возможно, стоит проверить значение SiteSetting traditional markdown linebreaks. В описании сказано: «Использовать традиционные переносы строк в Markdown, для которых требуются два пробела в конце строки».
Это немного запутанно, но мне кажется, что у вас эта опция включена, а вам нужно её выключить. Или, возможно, это я запутался.