Acredito que a cor primária do cabeçalho se aplica apenas ao cabeçalho nativo do Discourse, não às áreas que você mostra na sua primeira captura de tela, que são personalizadas.
Você provavelmente precisará personalizar isso com CSS.
Você pode ir lá e aprender algumas coisas úteis sobre isso. Isso o ajudará muito na próxima vez que precisar de tal personalização: