AFAIK cuando no está en el contenedor, containers es un subdirectorio de /var/discourse; no hay un directorio /containers. Así que, a menos que me equivoque, la línea “o edita /containers/app.yml manualmente” en INSTALL.md debería decir “o edita containers/app.yml manualmente” o “o edita /var/discourse/containers/app.yml manualmente”.