Puedes usar una de las plantillas de la carpeta templates. Por ejemplo, si deseas ejecutar un servidor independiente, simplemente usa el archivo standalone.yml.
AFAIK cuando no está en el contenedor, containers es un subdirectorio de /var/discourse; no hay un directorio /containers. Así que, a menos que me equivoque, la línea “o edita /containers/app.yml manualmente” en INSTALL.md debería decir “o edita containers/app.yml manualmente” o “o edita /var/discourse/containers/app.yml manualmente”.