¿Cómo agregar JS en el After Header?

Esto simplemente no es posible. Tenga en cuenta que la guía para desarrolladores menciona que solo tiene tres opciones para que se activen las etiquetas de script:

¿Hay alguna razón en particular por la que necesites el código en after_header? Puede haber otros enfoques que puedas tomar para lograr lo que necesitas.

Cuando intentaste separar el script en el head y el botón en el after_header, ¿estás seguro de que el script no se está activando en absoluto, o es que no puedes seleccionar el botón? Puede deberse a la forma en que funciona el Ember runloop.

Quizás puedas intentar envolver tu script en un

<script type="text/discourse-plugin" version="0.8" >
api.onPageChange(() => {
   var btn = document.querySelector('#Send');

   btn.addEventListener('click', function(e) {
     e.preventDefault();
  
    this.disabled = true;
  
     setTimeout(function(){ btn.disabled=false; }, 10000);
   });

});
</script>
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