Esto simplemente no es posible. Tenga en cuenta que la guía para desarrolladores menciona que solo tiene tres opciones para que se activen las etiquetas de script:
¿Hay alguna razón en particular por la que necesites el código en after_header? Puede haber otros enfoques que puedas tomar para lograr lo que necesitas.
Cuando intentaste separar el script en el head y el botón en el after_header, ¿estás seguro de que el script no se está activando en absoluto, o es que no puedes seleccionar el botón? Puede deberse a la forma en que funciona el Ember runloop.